味噌の発酵は「麹菌・酵母菌・乳酸菌」により行われます。その内、酵母菌はアルコール発酵をして味噌のよい香りの素を醸します。そのため酵母菌が多く発酵が活発な味噌ほどアルコール臭を感じることがあります。
また味噌によっては発酵を抑えるために、熟成が終わった後、ごく微量の酒精（アルコール）を加えているものもあり、こちらもアルコール臭を感じる要因の1つです。
どちらも熱を加えることで揮発してお酒のような香りがなくなります。